P. amboinensis trưởng thành dài khoảng 11 cm. Cơ thể của P. amboinensis có màu vàng nhạt; có đốm nhỏ màu xanh lam ở mang. Mặt có nhiều vệt màu xanh tím. Mống mắt có vòng màu xanh lam. Cá con có đốm đen lớn ở vây lưng, tiêu biến khi trưởng thành. Khá tương đồng với loài Pomacentrus moluccensis nhưng P. moluccensis có màu nhạt hơn, và môi trường sống của chúng cũng khác nhau[4].

Số ngạnh ở vây lưng: 13; Số vây tia mềm ở vây lưng: 14 - 16; Số ngạnh ở vây hậu môn: 2; Số vây tia mềm ở vây hậu môn: 14 - 16; Số vây tia mềm ở vây ngực: 17[3].

Thức ăn của P. amboinensis là rong tảo và và các động vật không xương sống nhỏ. P. amboinensis là một loài không di cư; thường bơi thành các nhóm nhỏ. Cá đực có nhiệm vụ bảo vệ và chăm sóc những quả trứng[3].